Sebagai bagian integral dari Pondok Pesantren Annuqayah, Madrasah Aliyah 1 Annuqayah mewarisi dan terus mempertahankan tradisi lembaga yang berdiri sejak 130 tahun lalu. Nilai-nilai Islam yang penuh penghormatan terhadap ilmu dan para ulama menjadi motivasi utama untuk mendidik santri dengan karakter yang khas, bercirikan kesederhanaan, kemandirian, ketekunan dan akhlaqul-karimah. Disamping itu, kuatnya ikatan sejarah dengan perjuangan kemerdekaan bangsa Indonesia telah membentuk madrasah ini menjadi wadah suburnya nilai-nilai nasionalisme.
Amalgam tradisi pesantren dan kurikulum nasional diharapkan mampu melahirkan lulusan yang tidak saja menguasai ilmu-ilmu agama, melainkan juga secara aktif berperan di dalam pembangunan nasional.
Madrasah Aliyah 1 Annuqayah menerima seluas-luasnya lulusan MTs atau sederajat dari berbagai kalangan dengan paradigma pendidikan yang setara namun tanpa mengabaikan perbedaan masing-masing siswa.