Sebagai bagian integral Pondok Pesantren Annuqayah, MA 1 Annuqayah mewarisi dan terus mempertahankan tradisi lembaga yang berdiri sejak 133 tahun lalu. Nilai-nilai Islam yang penuh penghormatan terhadap ilmu dan para ulama menjadi motivasi utama untuk mendidik santri dengan karakter yang khas, bercirikan, kesederhanaan, kemandirian, ketekunan dan akhlaqul karimah. 

Di samping itu, kuatnya akan sejarah dengan perjuangan kemerdekaan bangsa Indonesia telah membentuk madrasah ini menjadi wadah suburnya nilai-nilai nasionalisme.